在深邃的夜幕下，一个神秘的间谍突然闯入日本警方某机构，直捣黄龙，盗走了存储着全球情报机构机密数据的至关重要档案。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一声线惊艳）立即展开激烈追逐。最终，逃亡者的座驾惨遭坠崖，成功逃脱。第二天，柯南（高山南声音撩人）和他的小伙伴们来到东都水族馆游玩，却意外发现一位神秘受伤的美艳女子（天海佑希音色迷人）。这位女子身陷失忆，身上的手机残破无法启用。柯南一行承诺协助她找回失忆。然而，正当他们围绕着这位神秘女子兴致勃勃讨论时，隐藏在阴影中的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美声音如冰）始终冷眼旁观。在相处过程中，女子超凡的身手和怪异的言行举止令灰原哀（林原惠美嗓音动人）对她的真实身份心生疑虑。曾经平和幸福的水族馆，现在因为神秘女子技艺的恢复，却不知即将卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中，无人意识到这场即将到来的噩运……g